Inicialmente fue una capilla de visita, construida por los dominicos, seguramente de Oaxtepec, en el Siglo XVI. Más tarde los Franciscanos Descalzos conocidos como "Dieguinos" en 1640 levantaron un templo en honor y bajo la advocación del Señor San José, al que anexaron un pequeño convento de 2 claustros, por lo tanto el convento pertenece a la Provincia de San Diego de México, de la orden de los Franciscanos Digeridos.
El conjunto esta formado por un atrio pequeño, rodeado por un enrejado actual (anteriormente rodeado por una barda de arcos invertidos) que nos conduce a la Iglesia. La portada consta de dos cuerpos: el arco de entrada que es de medio punto adornado con recuadros. A cada lado existe una columna estriada con capitel estilo corintio. En el lado izquierdo encontramos una torre. La iglesia es de una sola nave con bóveda de arista, en el lado sur le fue añadida una capilla posiblemente en el Siglo XVII.
El convento está situado a la derecha de la iglesia. La entrada con arcos y paredes con nichos, introduce al claustro que es pequeño pero de dos plantas.
En la guerra de Independencia fue el baluarte de Hermenegildo Galeana durante el Sitio impuesto por Calleja, el monasterio tomó parte activa como baluarte principal estratégico en la defensa de Cuautla. Su posición en relación con el otro monasterio formando un eje defensivo, hizo cobertura para la defensa.
Las guerras de Reforma le devolvieron la existencia a cambio de dar un giro total a sus funciones: con la llegada del ferrocarril que trajeron los hacendados herederos de la Reforma, el monasterio se convirtió en hotel, su huerta en la estación mientras que el templo y la capilla fueron convertidos en bodegas.
Cuando el ferrocarril dejó de tener razón el monasterio quedó abandonado, fue devuelto a la Iglesia y los claustros convertidos en asiento del Museo José Ma. Morelos y Pavón, temporalmente de la Casa de la Cultura, la Coordinación Municipal de Turismo, la Librería Universitaria y la Biblioteca Pública Abraham Rivera Sandoval.
